Kiedy mówimy o dużych dotacjach to od złożenia wniosku do podjęcia jakiejkolwiek decyzji o dofinansowaniu może upłynąć nawet kilkanaście tygodni, a nawet rok. Orientacyjne terminy podawane są w komunikatach, w których ogłaszane są konkursy na projekty, i w podręcznikach do poszczególnych programów Dotacja wypłacana może być w transzach. Wypłata ostatniej części następuje zazwyczaj po ostatecznym rozliczeniu projektu (po złożeniu wniosku o płatność końcową).
Zwykle dotację otrzymuje się w formie refundacji, czyli beneficjent najpierw sam musi sfinansować projekt (może się posiłkować kredytami), a potem go rozliczyć. Jeśli instytucja zarządzająca programem jest przekonana, że projekt został prawidłowo przeprowadzony i sfinansowany, podejmuje decyzję o wypłacie dotacji.